Determinar el origen preciso del Monasterio de San Pedro de Cardeña no es una tarea sencilla, ya que la escasez de documentación existente no ha permitido a la historiografía moderna poder precisar con exactitud los orígenes de nuestra abadía.

Algunos estudiosos establecen que con probabilidad, pudiera haber existido ya en el siglo VIII. Antiguos historiadores benedictinos han considerado al Monasterio como el primer cenobio de su orden fundado en España. Otros remontan su nacimiento como templo visigodo. En los 373 documentos de compra-venta y donación que se registran en el Becerro Gótico de Cardeña (899-1085) no está consignada la escritura fundacional.

El primer documento fidedigno en el que se hace referencia al Monasterio se sitúa el 24 de septiembre del año 902, en el que se refleja la donación realizada al cenobio por el conde de Lantarón y de Cerezo, Gonzalo Téllez y su esposa Lambra. Aunque se sabe que 3 años antes, en el 899, fue restaurado por el rey Alfonso III el Magno.

Destruido por las tropas de Abderramán III en el 934, dando lugar a los tristemente célebres acontecimientos que llevaron al martirio a 200 de sus monjes en tiempos del abad Sancho, canonizados en 1603. Acontecimiento que suscitó una demanda exorbitante de reliquias, además de un importante movimiento devocional en torno a los santos Mártires.

Repoblado posteriormente y gracias al apoyo de los Condes de Castilla Fernán González (910-970) y García Fernández (938-955), dispuso de un excelente Scriptorium del que saldrían obras maestras, alcanzando su máxima notoriedad durante el siglo XI

Con el abadiato de San Sisebuto (1050-1086), transcurre el célebre episodio en que el Cid dejó a cobijo del Monasterio, a su esposa Doña Jimena y a sus hijas durante su destierro ordenado por Alfonso VI en el 1081, y donde reposarán sus restos tres años después de su muerte en Valencia en 1099. En el siglo XII y durante un breve espacio de tiempo, pasó a pertenecer, como priorato, a la Abadía de Cluny.

Desde el siglo XIII formó parte de la Congregación Benedictina Claustral de la provincia de Toledo, hasta su incorporación a la Congregación observante de San Benito de Valladolid en 1502, a la que se mantuvo hasta 1835, fecha de las leyes de desamortización y exclaustración dictadas por Álvarez Mendizábal en España.

Desde 1836 y hasta 1942 el Monasterio de Cardeña se vio privado de sus monjes y de la vida monástica. Durante ese largo periodo de 106 años, el cenobio castellano sirvió para casi todo, menos para lo que había sido su fin originario:

En 1862, la orden benedictina intentó recuperarlo en varias ocasiones para la vida activa monástica. Pero ambos intentos, el primero en 1862 y el segundo en 1880, fracasaron por no poder disponer de los terrenos destinados a huerto que hacía inviable la subsistencia de los monjes.

En 1888 ocuparon sus instalaciones los Padres Escolapios de León que, de nuevo lo abandonaron en 1901. Un intento con el mismo desenlace fue su ocupación, en 1905, por un grupo de frailes capuchinos franceses expulsados de Toulouse, que lo abandonaron de nuevo en 1921.

Tras varios intentos de recuperación, su abandono finaliza en 1933, acogiendo la fundación de una comunidad cisterciense del monasterio palentino de San Isidro de Dueñas. Sin embargo, el establecimiento definitivo de dicha comunidad no se produjo hasta el 29 de abril de 1942, debido a los años de Guerra Civil, que desgraciadamente, lo convirtieron desde finales de 1936 hasta principios de 1940 en campo de concentración de prisioneros.

Elevado a priorato el 1 de octubre de 1945 y otorgada la autonomía el 30 de enero de 1946, quedó consolidada definitivamente la comunidad de nuestro Monasterio. Finalmente, en 1948, logra el título de abadía, siendo elegido siete meses después el primer Abad cisterciense y el 125 en el abadologio general de la casa: Dom Jesús Álvarez Álvarez.

En 1931 fue declarado Bien de Interés Cultural como monumento histórico-artístico perteneciente al Tesoro Artístico Nacional.